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文獻(xiàn)速遞| circRNA穩(wěn)定性研究及樣品制備

發(fā)布時(shí)間:2024-09-26瀏覽次數(shù): 賽分新聞

  引言

  Introduction

  環(huán)狀RNA(circRNA)由于其獨(dú)特的閉環(huán)結(jié)構(gòu)、高穩(wěn)定性和對(duì)外切酶的抗性,在科研和臨床應(yīng)用中展現(xiàn)出巨大潛力,成為研究基因表達(dá)調(diào)控、疾病診斷及新療法開發(fā)的重要工具。近日,中檢院在《Chemosensors》上發(fā)表的研究Study on the Characterization and Degradation Pattern of Circular RNA Vaccines Using an HPLC Method,通過SEC-HPLC方法詳細(xì)探討了circRNA疫苗的表征及降解模式,為circRNA的進(jìn)一步應(yīng)用提供參考依據(jù)(*查看底部留言區(qū)獲取文章鏈接)。文中參考USP法案推薦的mRNA聚體分析SRT SEC-1000體積排阻色譜柱,有效分離circRNA的聚集體、片段等相關(guān)雜質(zhì),為circRNA降解研究提供關(guān)鍵信息。

背景介紹

  CircRNA由線性mRNA進(jìn)一步環(huán)化或IVT共環(huán)化得到,無論是mRNA或者circRNA其均具有較高的分子量,相比于常規(guī)抗體、蛋白,在未變性條件下的分析檢測(cè),常需采用大孔徑的色譜柱產(chǎn)品。而市場(chǎng)上大孔色譜柱相對(duì)較少,賽分科技在大孔硅膠的研究上具有豐富的經(jīng)驗(yàn),滿足大孔分析的同時(shí)保證硅膠的機(jī)械穩(wěn)定性,適用于mRNA、DNA、病毒顆粒等大尺寸生物樣品的分析與質(zhì)量控制。

  CircRNA反向剪接形成的獨(dú)特閉環(huán)結(jié)構(gòu)雖賦予了其高度的穩(wěn)定性,但伴隨其合成過程產(chǎn)生的聚集體、片段、開環(huán)樣品,以及儲(chǔ)存或運(yùn)輸過程的降解產(chǎn)物需進(jìn)行質(zhì)量控制。為了探究circRNA的降解機(jī)制和產(chǎn)物,研究人員參考美國藥典(USP)Analytical Procedure for Quality of mRNA Vaccines and Therapeutics第二版推薦的線性mRNA檢測(cè)方法。而近期USP發(fā)布的第三版草案中,持續(xù)推薦賽分科技SRT SEC-1000用于mRNA聚體分析,研究人員也采用該色譜柱用于circRNA的純度評(píng)估與降解模式分析。

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文章概述

  對(duì)于circRNA產(chǎn)品,其研發(fā)工藝中容易被忽略的開環(huán)RNA、聚集體以及降解產(chǎn)物等雜質(zhì)的鑒定和分離一直是一大難題,對(duì)產(chǎn)品安全性和穩(wěn)定性造成影響。文章采用賽分科技SRT SEC-1000色譜柱,實(shí)現(xiàn)了circRNA樣品中各組分的有效分離,提供了關(guān)于circRNA疫苗穩(wěn)定性、聚集物形成以及降解產(chǎn)物積累的關(guān)鍵信息,為保證疫苗質(zhì)量和安全性提供支持。

  聚集體片段分析

  色譜柱:SRT SEC-1000(7.8×300 mm,5 μm,1000 Å)

  流動(dòng)相:無Rnase的磷酸鹽緩沖液(225 mM NaH2PO4+225 mM Na2HPO4,pH 7.0)

  流速:0.3 mL/min

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  圖1.不同溫度下處理的circRNA樣品穩(wěn)定性

  圖1是利用SRT SEC-1000色譜柱檢測(cè)circRNA樣品在4℃、25℃和37℃下的穩(wěn)定性結(jié)果。結(jié)果顯示,在4℃和25℃條件下,隨著存放時(shí)間的增加,circRNA樣品和聚集比例均發(fā)生下降,而RNA降解片段比例出現(xiàn)增加(9%~80%)。在37℃條件下,隨著存儲(chǔ)時(shí)長的增加,circRNA比例下降,mRNA降解片段比例出現(xiàn)增加,而聚集體比例會(huì)先增加后降低。因此可以推斷,在不同溫度存放過程中,circRNA樣品和聚集體的降解伴隨著mRNA降解片段的形成。

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圖2. 在circRNA樣品中各組分的分析

  圖2是對(duì)circRNA樣品中各組分進(jìn)行進(jìn)一步分析的結(jié)果。研究人員將SEC-HPLC與RP-HPLC結(jié)果相結(jié)合,實(shí)現(xiàn)了樣品中閉環(huán)、線性前體、nicked、聚體和降解產(chǎn)物的成功分離,驗(yàn)證了其從完整狀態(tài)到切口狀態(tài)再到最終降解產(chǎn)物的降解模式。

實(shí)驗(yàn)結(jié)論

  綜上所述,研究人員使用賽分科技SRT SEC-1000體積排阻色譜柱,評(píng)估了circRNA樣品在不同溫度下的穩(wěn)定性及降解模式,較低溫度下circRNA樣品和聚集體比例均發(fā)生下降,較高溫度下在降解過程中出現(xiàn)聚集體比例先增加后降低,最終完全降解為片段的情況。該研究對(duì)于circRNA降解模式的研究為疫苗儲(chǔ)存、運(yùn)輸?shù)陌踩院陀行杂兄匾饬x。

制備收集推薦

  CircRNA由于其環(huán)狀結(jié)構(gòu),在分子量上通常與線性mRNA有所不同。因此在制備過程中,通過優(yōu)化SEC的分離參數(shù)和條件,可以實(shí)現(xiàn)對(duì)circRNA的高純度分離,提高circRNA的制備效率。特別是當(dāng)circRNA與線性mRNA的分子量差異較大時(shí),SEC的分離效果尤為顯著。

  cricRNA純化制備

  色譜柱:SRT SEC-2000(4.6×300 mm,5 μm,2000 Å)

  流動(dòng)相:無Rnase的TE緩沖液

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圖3.柱純化富集環(huán)狀RNA樣品
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圖4.凝膠電泳分析純化前后環(huán)狀RNA樣品

  圖3是北京大學(xué)魏文勝課題組的案例(點(diǎn)此鏈接再次閱讀),研究人員采用賽分科技SRT SEC-2000色譜柱,對(duì)富含circRNA的餾分進(jìn)行柱純化,將純化前后的樣品再次進(jìn)行凝膠電泳分析(見圖4),得到高純度樣品,可用于后續(xù)藥效實(shí)驗(yàn)等操作。

案例分享

  賽分科技大孔徑色譜柱已廣泛應(yīng)用于mRNA以及circRNA的分析。賽分科技國內(nèi)外客戶均有采用體積排阻色譜柱用于mRNA樣品分析及制備,并發(fā)表相關(guān)研究文獻(xiàn),摘錄部分文件可再次瀏覽。

  鏈接:點(diǎn)擊以下文章再次閱讀,通過SEC分析、制備mRNA樣品:

  《文獻(xiàn)速遞 | 環(huán)狀mRNA用于癌癥治療》

  《文獻(xiàn)速遞 | SRT SEC分離純化環(huán)狀RNA》

  《文獻(xiàn)速遞 | 光散射技術(shù)對(duì)rAAV及mRNA-LNP樣品生物物理表征》

  《文獻(xiàn)速遞|高純度circRNA制備收集助力TCR-T藥物研發(fā)》

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